自然资源部第三海洋研究所（简称海洋三所）创建于1959年,是自然资源部直属的国家公益性综合型海洋科学研究机构，主要从事海洋基础研究、应用研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。 截至2023年12月，海洋三所在编职工422人，其中有中国工程院院士1人，享受政府特殊津贴专家3人，国家“百千万人才工程”2人，福建省特级后备人才1人，国家优秀青年科学基金获得者1人，省部级人才计划入选者125人，厦门市各类人才计划140人，具有副高级职称以上科技人员250人，具有博士学位人员217人。海洋三所是1984年国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位，拥有海洋科学1个一级学科硕士学位授予点和微生物学和环境科学2个二级学科硕士学位授予点，并与清华大学、中国科技大学等高校联合招收博士研究生，在读硕、博士研究生360余人，建有博士后科研工作站，在站博士后11余人。 海洋三所重点发展深海生物研究与海洋生物资源开发利用、全球变化与区域海洋响应、海洋生物多样性与生态系统保护、应用海洋学四个学科领域12个研究方向，建有自然资源部重点实验室2个、自然资源部工程技术创新中心1个、福建省重点实验室3个和自然资源部野外科学观测站2个，以及面向服务经济社会建设为主的厦门海洋工程勘察设计研究院有限公司。在深海微生物研究、海洋生态保护与修复和全球变化等学科领域居全国领先地位，部分成果达到国际先进水平；海洋生物多样性和海气相互作用研究等具有明显优势，部分领域处于全国领先水平；海洋生物资源开发利用技术独具特色，打造集“资源保藏-活性物质挖掘与评价-产品研发-质量控制-中试放大-成果转化”为一体的产业技术开发平台，一批专利实现成果转化，在国内处于先进水平；在台湾海峡、南海等区域海洋学研究方面研究成果突出，海洋声学等领域在国内具有一定的学科优势。经过60多年的发展，海洋三所取得了一系列重要科技成果，已经成为我国海洋科学研究的重要力量，在国际上具有一定的知名度，为我国海洋科技发展、海洋综合管理、海洋经济发展、海洋权益维护和海洋生态文明建设做出了重要的贡献。  海洋三所先后与美、德、法、日等30多个国家以及我国香港、澳门以及台湾等地区的有关机构建立了交流与合作关系，签署并执行了40余份合作协议。近年来，积极响应国家“一带一路”倡议，先后与印度尼西亚、泰国、马来西亚等沿线国家开展了50多个航次的联合调查与研究。主办出版中国自然科学核心期刊《应用海洋学学报》，同时是全国海洋标准化技术委员会海洋生物资源开发与保护分技术委员会、中国海洋学会海洋生物资源专业委员会、中国海洋工程咨询协会环境生态专业委员会，中国太平洋学会危险品与放射性评估分会、中国生态学会海洋生态专业委员会以及福建省海洋学会的依托单位。 海洋三所保藏有我国迄今为止最大的灰鲸标本和十万多份生物标本，海洋微生物菌株量达全球第一，拥有现代化的4500吨级海洋综合科学考察船“向阳红03”船自2016年3月建成并投入使用以来，已圆满完成了多个深远海综合调查航次任务，在海洋科学研究、海洋资源环境调查、国际海底资源评价与开发等相关工作中，为国家海洋发展战略、国家海洋安全和自然资源部有关管理职能提供有力支撑。    持有国家级《检验检测机构资质认定证书》、乙级《测绘资质证书》、乙级《工程咨询单位资信证书》、《司法鉴定许可证》等各类技术咨询服务证书。通过ISO9001:2015质量管理体系认证。立足福建，辐射河北、山东、浙江、广东、广西、海南等沿海省份，近年来承接各类海洋规划、涉海工程的技术咨询和技术服务等项目两千余项，为地方海洋经济高质量发展提供技术支持，服务国家海洋生态文明建设。